Yayasan Seroja, atau Panti Asuhan Seroja, bertempat di sebuah bangunan peninggalan Portugis di Bario Formosa, Dili. Selama beberapa bulan ketika Fretilin mengendalikan wilayah tersebut, yakni sejak September 1975, gedung itu digunakan sebagai panti asuhan, alias orfanato dalam bahasa Portugis. Pada akhir tahun 1975 beberapa dari antara anak-anak yang masih tinggal di sana adalah anggota keluarga Conceição. Orangtua mereka adalah pendukung UDT yang dibunuh oleh Fretilin selama konflik antar-partai. Ketika pihak militer Indonesia datang menyerang pada 7 Desember 1975, semua anak dari orfanato melarikan diri bersama perawat mereka ke rumah sakit distrik di kaki gunung di selatan Dili. Beberapa minggu kemudian tentara Indonesia membersihkan rumah sakit tersebut. Mereka lalu tahu bahwa anak-anak itu adalah korban Fretilin dan mengirim mereka kembali ke orfanato.

Pada tanggal 1 April 1976 Lembaga Seroja dibuka secara resmi. Sampai tahun 1978 lembaga tersebut dijalankan oleh pihak militer Indonesia, di mana prajurit kerap kali terlibat dalam urusan harian. Selain mengirimkan makanan dan kebutuhan lainnya, para prajurit mengajar anak-anak itu tentang integrasi dan lagu-lagu nasional. Lembaga tersebut menerima bantuan dana dari Yayasan Dharmais milik Soeharto, yang saat itu masih menjadi presiden Indonesia, dan diberi nama sesuai kampanye integrasi Seroja. Pada waktu itu ketigabelas anak Conceição masih tinggal di sana, bersama dengan 13 anak lainnya. Beberapa anak lain kemungkinan sedang dalam perawatan rumah sakit pada waktu invasi; mereka tidak dapat kembali ke rumah masing-masing dan akhirnya terpisah dari keluarga mereka.

Staf orfanato yang sebelumnya dipekerjakan oleh Fretilin kini tidak lagi dipekerjakan oleh pihak militer. Sebaliknya, pihak militer mempekerjakan beberapa wanita yang suaminya adalah pemimpin-pemimpin Apodeti dan UDT yang dibunuh oleh Fretilin tak lama setelah invasi. Lembaga tersebut, yang diberi nama sesuai kampanye integrasi, dengan sekitar separuh dari penghuni awalnya, anak-anak Conceição yang orangtuanya dibunuh oleh Fretilin, dan yang dikelola oleh staf wanita—yang juga kehilangan suami mereka akibat pembantaian Fretilin—dijadikan simbol perjuangan integrasi oleh pihak militer.

Pada bulan Juni 1976 pihak tentara membawa Jenderal Portugis, Morais da Silva, ke Dili untuk menegosiasikan pelepasan 23 tahanan Portugis. Ini adalah upaya simbolis untuk meyakinkan da Silva bahwa Portugal semestinya mendukung integrasi.

Acap kali tentara membawa anak-anak yang kehilangan keluarga mereka ke Seroja seusai sebuah kampanye. Banyak dari antara tentara ini yang nantinya kembali untuk mengambil seorang anak di akhir masa tugas mereka, lalu membawa anak-anak itu ke rumah masing-masing di Indonesia. Maria Margarida Babo, seorang anggota staf di Seroja selama masa operasinya sampai tahun 1999, masih ingat bagaimana para tentara membawa sejumlah anak dengan helikopter dari berbagai distrik ke Seroja. Beberapa dari anak-anak ini nantinya berkumpul kembali dengan orangtua dan anggota keluarga yang datang mencari mereka ke Seroja. Sayangnya, anggota staf kerap kali tidak mampu membantu keluarga-keluarga yang datang mencari anak-anak mereka karena beberapa anak masih terlalu kecil untuk bisa memberikan informasi, sementara para tentara yang membawa anak-anak itu memberikan informasi yang kurang memadai. Selain itu, staf di Seroja tidak dapat berbicara bahasa Indonesia dengan baik, jadi mereka sering kali takut untuk minta penjelasan dari anggota militer yang ditugasi memimpin lembaga tersebut. Maria Margarida Babo mencoba membuat catatan sendiri tentang perpindahan anak-anak itu. Sayangnya catatannya tidak berhasil diselamatkan ketika evakuasi dilakukan dengan paksa pada tahun 1999, ketika lembaga tersebut terbakar.

Ketika Departemen Kesejahteraan Sosial (Depsos) mengambil alih Lembaga Seroja pada tahun 1978, ia secara khusus melarang pengadopsian anak-anak yang tinggal di lembaga tersebut oleh para tentara. Sekalipun demikian, beberapa anggota staf masih ingat sewaktu anak-anak itu diambil oleh para tentara atau istri-istri tentara. Salah satu anak yang diambil adalah Thomas (2 tahun) antara tahun 1982 dan 1983. Sekelompok wanita dari Persatuan Istri Tentara (Persit) menggunakan pengaruhnya untuk mempengaruhi sejumlah pejabat militer untuk mendapatkan surat izin dari Depsos guna mengadopsi Thomas. Bagaimanapun, setelah beberapa tahun pengambilan anak-anak oleh tentara dari Seroja pun terhenti.